首先，政府支持力度小，財政投入不足。當前中央政府大力推進綠色食品和無公害食品產業的發展，并且向農民提供金融支持以鼓勵他們轉變傳統的農業生產方式。相對來說，中央政府對于有機農業的發展雖然持有積極的態度，但是到現在為止，還沒有實質性的資源投入。在中央政府支持的背景下，許多地方政府，特別是東部和南部經濟發達地區，都有意向發展有機農業，并且已經開始啟動一些實驗性項目和研究，但是，這些地方政府的支持主要針對的是有機認證方面，并且支持力度較小，難以整體推進有機農業的發展。我國多數有機農業研究項目是受到來自于國際機構的資助和支持，這些國際機構主要包括：國際農業開發基金會(IFAD)、亞洲開發銀行研究所(ADBI)、亞太經合組織(APEC)等。

其次，生產技術研究工作落后，推廣服務體系薄弱。當前，我國有機農業發展迫切需要大量具有實際價值的有機農業生產技術、政府支持政策以及有機產品的生產和營銷三個方面的支撐。在技術方面，盡管現在我們已有一個有機質量控制體系可以使得產品符合有機標準的相關規定，但是在生產方面，大量缺乏關于病蟲害防治、土壤肥力保持等方面的生產技術的研究和應用，從而大大限制了我國有機農業產量的提高和規模的發展。在政府政策制定方面，我國到現在為止還沒有一個國家層次上的有機農業研究合作平臺。在過去30年中，大多數研究工作主要集中在生態農業和綠色食品方面，卻沒有具體的關于有機農業的研究支持計劃。對于從事有機農業生產的農戶來說，國家既沒有政策性的鼓勵，也沒有財政性的扶持幫助他們獲得生產管理方面的指導和咨詢，這就導致了一種尷尬的局面。一方面，農民迫切希望獲得有機農業生產相關的指導和幫助;另一方面，一些有機農業咨詢服務機構卻沒有市場和對象開展咨詢指導業務。在我國，現在已有將近30家有機認證機構從事有機產品的認證業務，卻僅僅只有5家來自大學和科研機構的專業有機農業咨詢組織，并且它們大多數注重于建立產品質量控制體系，而不是開展生產技術的咨詢服務。同時，地方農技推廣服務體系也缺乏相應的技術和人員來開展有機農業的服務工作，尚未有效發揮對于有機農業技術的推廣作用。

最后，生產組織形式缺乏創新，營銷方式效率低下。在生產營銷方面，我國大部分有機產品是由小規模農戶組織生產與管理的。盡管許多小農戶被公司通過某些模式組織成生產者群體，但是這些群體是松散的，并沒有被很好的組織和管理起來。很多農戶根本無法理解有機產品的真正內涵，只是受到經濟方面的吸引而與公司進行合作。這些農戶缺乏對于有機農業的認識和了解，無法掌握高水平的有機農業生產方法，導致有機農業生產水平落后，產量低下，品質難以得到保證。在有機產品營銷方面，小規模的農戶處于市場的不利地位，不能直接進入市場當中，難以形成有效的市場宣傳手段和建立良好的品牌知名度，使得目前的有機產品市場具有魚龍混雜、管理混亂、價格昂貴等諸多缺陷，嚴重影響了人民群眾對于有機產品的信任和消費。

有機農業產業化拓寬了有機農業的領域,包括有機農產品生產,有機農產品初加工、深加工,有機農產品儲運保鮮,有機農產品專賣店,有機農產品配送到家等,實現了有機農產品多層次、多環節增值。將有機農產品加工業、運輸業、儲運業、銷售業整合為一條產業鏈,可以為部分農村勞動力提供更多的就業機會。有機農業產業化還加速了農業、工業、服務業之間以及城鄉之間優勢互動與協調發展,使信息、資本、技術與管理人才、資源等生產要素得到更合理配置。

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